De nombreux microbes (bactéries, levures, virus, …) peuvent être hébergés par les pigeons comme par toute espèce animale. Certains d’entre eux sont susceptibles de transmettre une maladie à l’homme. Parmi ceux ci, les plus fréquemment isolés chez les pigeons sauvages ou d’élevage sont des salmonelles (Salmonella tiphymurium var Copenhaguen) qui provoque la salmonellose (Infection bactérienne). Cela dit, le risque d’attraper des maladies d’origine aviaire pour de simple passants en ville est très rare.

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